Kolejnymi problemami ze strony przewodu pokarmowego to niedrożności (tzw zatkania) oraz biegunki o różnej etiologii. Do zatkania dochodzi najczęściej w wyniku połknięcia dużych cząstek pokarmowych lub sierści i tworzenia się tzw trichobezoarów. Stanowi to przeszkodę dla przesuwającej się treści pokarmowej, a przede wszystkim duży ból i dyskomfort dla zwierzęcia. Króliki przestają jeść i mogą być osowiałe.

Często dochodzi do atonii przewodu pokarmowego, a nawet martwicy i śmierci zwierzęcia. Dlatego ważne jest regularne wyczesywanie królików zwłaszcza w okresie linienia i szybkie reagowanie na pojawiające się objawy. Biegunki z kolei mogą pojawiać się w wyniku infekcji bakteryjnej, inwazji pasożytniczej, zatruć itd.

Opiekunowie powinni szybko reagować aby nie dopuścić do odwodnienia i intoksykacji. Warto w tym miejscu zwrócić uwagę również na kokcydiozę czyli chorobę pasożytniczą, która bywa niebezpieczna szczególnie dla młodych królików. Wyróżniamy postać jelitową i wątrobową, która jest w szczególnie groźna i może doprowadzić nawet do śmierci królika . Dlatego tak ważne jest regularne badanie kału, zwłaszcza zaraz po zakupie lub adopcji. 

Innymi problemami z którym borykają się kroliki jest  kamica układu moczowego, która wynika ze specyficznej gospodarki wapnia. Króliki poza aktywnym wchłanianiem wapnia w jelitach, który występuje u większości ssaków wchłaniają go również na drodze gradientu stężeń. Ilość wchłanianego wapnia jest wprost proporcjonalna do jego zawartości w pokarmie. Jego nadmiar jest usuwany głównie przez nerki.

Wszystko to predysponuje do tworzenia się najpierw tzw mulistego moczu, a w następnej kolejności prowadzi do kamicy moczowej. Do zaburzeń tych predysponuje również mała aktywność ruchowa zwierzęcia, mała ilość wypijanej wody, otyłość, choroby pęcherza i nerek. Wśród objawów wyróżniamy: kropelkowanie, częste oddawanie moczu, krwiomocz, apatia, spadek apetytu, bolesność jamy brzusznej, apatia.

Postępowanie obejmuje leczenie farmakologiczne w przypadku tzw mulistego moczu oraz drobnych kamieni, które zwierzę jest w stanie samodzielnie wydalić. W przypadku dużych kamieni najczęściej niezbędna jest operacja. 

Ostatnią omawianą jednostka chorobową jest kunikuloza. Choroba wywołana jest przez wewnątrzkomórkowego pasożyta Encephalitozoon cuniculi, którego głównym żywicielem jest królik. U tych zwierząt zakażenie występuje bardzo często i w większości przypadków przybiera postać przewlekłą, co może ale nie musi doprowadzić do rozwoju objawów klinicznych. Króliki mogą wykazywać objawy ze strony układu nerwowego, moczowego lub narządu wzroku. Te trzy formy choroby mogą występować pojedynczo lub w kombinacjach.

Objawy ze strony układu nerwowego wyraźnie dominują i są dość charakterystyczne, ale zawsze wymagają różnicowania z innymi jednostkami chorobowymi. Symptomy pojawiają się nagle i mogą być poprzedzone działaniem czynników stresowych.  Wśród najczęstszych objawów wyróżniamy: kręcz szyi, niezborność ruchowa, kręceniem się w kółko, nietrzymanie moczu, zwiększone oddawanie moczu i pragnienie oraz zaćma i zapalenie błony naczyniowej. Leczenie jak i diagnostyka bywa problematyczna.

Objawy wynikają głównie z reakcji zapalnej, którą wywołuje pasożyt. Nawet jeśli pasożyt jest obecny w tkankach i przy pomocy leków unieszkodliwimy go, nie oznacza to, że cofną się równocześnie zmiany, które zdołał już wywołać w układzie nerwowym czy w strukturze nerek.